Referencemateriale fra SeraCare hos Triolab

Multigen-analyser bliver mere og mere almindelige i forhold til analyser af enkelte mutationer eller gener. Derfor bliver det stadig både mere komplekst og mere nødvendigt at kunne standardisere og sikre det samme gentest-resultat, uanset analysemetode eller sted. Det anbefales, at man bestemmer analysers nøjagtighed, præcision, og detektionsgrænse (LoD) for alle relevante mutationstyper samt prøvematerialer1.

SeraCare Seraseq® referencematerialer er udviklet med henblik på kvalitetssikring af disse omfattende og komplicerede analyser. De indeholder typisk 15-40 forskellige mutationer i en velbeskreven genetisk baggrund (se info-boks). Hver mutation har klinisk relevans og er ofte lokaliseret i en region, der er svært tilgængelig for sekventering eller bioinformatisk analyse, og/eller indeholder mutationer med lav mutationsrate. Disse materialer er et godt supplement til patientprøver, når man validerer en genetisk test, da man dermed får adgang til mutationer, der er sjældne, eller som man ikke tidligere har testet for2.

SeraCare Seraseq® -materialerne er produceret under meget strenge kvalitetsprocedurer, som SeraCare har opbygget igennem mere end 30 år som leverandør af referencematerialer til IVD-industrien og til kliniske laboratorier. En teknisk rapport udstedes med hver batch af Seraseq® referencemateriale, og den beskriver bl.a. allelfrekvensen (AF) af hver mutation – verificeret med digital PCR - hvilket er ideelt i forhold til testopsætning, validering samt longitudinal kvalitetssikring. Referencematerialer kan også bruges til at sammenligne forskellige analysemetoder, både hvis man etablerer en helt ny test eller omlægger til en ny.

SeraCare producerer referencematerialer til analyse af arvelige sygdomme, somatiske mutationer, cellefrit DNA (cfDNA) samt infektionssygdomme (se oversigt i tabel 1).

Referencematerialer spiller ofte en central rolle som ”den gyldne standard” eller ”den røde tråd” under udviklingen af robuste, grundigt validerede genetiske analyser samt til sikring af deres præcision og standardisering af resultaterne. Vigtigheden heraf er bl.a. blevet illustreret i studier, der viste, at akkrediterede laboratorier opnåede forskellige resultater for mendelske3 og somatiske mutationer4,5. Ydermere leverer SeraCare også prøvemateriale til cfDNA EQA-programmer.

Hvordan produceres SeraCare Seraseq DNA-kontroller?

De multiplexe og kvantificerede referencematerialer opnås ved at blande analyt-DNA, der består af individuelle 600 bp – 1000 bp DNA-fragmenter, som hver koder for en enkelt mutation, sammen den velbeskrevne DNA-baggrund – GM243856, hvormed man efterligner det kliniske materiale og får patient-lignende karakteristika og ydeevne. Allel-frekvensen (AF) af hver mutation er verificeret med digital PCR og er dokumenteret i den tekniske rapport.

Eksemplet her illustrerer fremstillingen af Seraseq ctDNA referencemateriale. 

(klik på billederne for at zoome ind)

 

Referencer

1 Guidelines for Validation of Next-Generation Sequencing-Based Oncology Panels: A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology and College of American Pathologists. J Mol Diagn. 2017 May;19(3):341-36

2 Next-Generation Sequencing Assay Validation. A Practical Guide for the Clinical Genomics Laboratory

3 An interlaboratory study of complex variant detection

4 Orthogonal Comparison of Four Plasma NGS Tests With Tumor Suggests Technical Factors are a Major Source of Assay Discordance. JCO Precision Oncology March 2019

5 Use of Biosynthetic Controls as Performance Standards for Next-generation Sequencing Assays of Somatic Tumors: A Multilaboratory Study. JALM Sep 2017;2(2):138-149

6 GM24385 Genome in a Bottle high confidence variant calls


BRUGERHISTORIER

For yderligere information om SeraCares referencematerialer kan man læse brugerhistorier på SeraCares hjemmeside. 

Brugerhistorier fra SeraCare

 

 

WEBINARS

SeraCare tilbyder løbende nogle rigtig spændende og lærerige live webinars, som det er gratis at deltage i.

Webinarer fra SeraCare